Clover menceritakan tentang perjuangan Sue, seorang gadis muda dengan kemampuan supranatural yang membawanya ke dalam dunia rahasia penuh konflik dan misteri. Di tengah kekacauan, Sue berusaha memahami kekuatannya dan mencari arti keberadaan dirinya di dunia yang tidak ramah bagi orang seperti dia. Dalam perjalanan tersebut, Sue bertemu dengan berbagai karakter unik yang membantu dan menghalangi langkahnya. Pertarungan antara kekuatan baik dan jahat semakin memanas, memaksa Sue untuk mengambil keputusan besar yang akan memengaruhi nasib banyak orang dan menegaskan jati dirinya.